Der Konvent wurde 1202 durch Leopold VI., Herzog von Österreich und der Steiermark, als Tochterkloster von Stift Heiligenkreuz gegründet und gehörte damit der Filiation der Primarabtei Morimond an. 1217 versammelte Herzog Leopold VI. in Lilienfeld viele Adelige seines Herrschaftsgebietes, um von hier aus zum Fünften Kreuzzug aufzubrechen. Nach dem Kreuzzug schenkte er dem Stift Lilienfeld eine Kreuzreliquie, die er in Byzanz erhalten hatte. Nach seinem Tod wurde Herzog Leopold VI. in der Kirche des Stiftes Lilienfeld bestattet. Die Begräbnisfeierlichkeiten für den Stifter am 30. November 1230 waren mit der Kirch- und Klosterweihe von Lilienfeld verbunden. 1266 oder 1267 fand Königin Margarete von Babenberg in der Stiftskirche ihre letzte Ruhestätte.
